Independentemente do momento em que sua nota fiscal for emitida, caso a venda vinculada à ela seja estornada, o eNotas tentará, por padrão, efetuar o seu cancelamento junto à Prefeitura ou SEFAZ.

  
Se preferir, você pode optar por desabilitar essa automação facilmente.
  

Atente-se ás observações finais deste artigo.
  

• Acesse o menu  Gerenciar -> Apps

• Depois vá em Editar, na integração onde deseja desabilitar essa ação:

• Em seguida, vá em Alterar, na opção destacada:

• Desabilite o cancelamento automático selecionando a opção Não e salve.

Pronto, suas notas não serão mais canceladas automaticamente ;)

Dica 

É possível configurar o seu ambiente pra emitir suas notas fiscais apenas após o vencimento da garantia, a fim de diminuir os cancelamentos por reembolso.