O único certificado que permite a automação que o eNotas oferece é o certificado A1, contido em arquivo.
O certificado A3 não é suportado em nenhuma circunstância, pois conforme mencionado anteriormente, além de criar dependência física do usuário, ele reduz as possibilidades de automação do fluxo de emissão.
Infelizmente não é possível utilizá-lo e nem migrá-lo para um certificado A1.
A única solução nesse caso é adquirir um novo certificado digital modelo A1, também chamado de eCNPJ A1.
Se ficar alguma dúvida, é só entrar em contato com o nosso time de suporte :)