O certificado digital em nuvem tem basicamente as mesmas características de um certificado A3, o que impossibilita sua utilização para emissão de notas no eNotas.
Todas as vezes que existe uma comunicação com o órgão responsável pela emissão de notas e é utilizado esse tipo de certificado, é necessário que a empresa adquirente dê uma autorização por meio de aplicativo no smartphone. Por esse motivo, é inviável sua utilização para a emissão de notas via webservice, já que cada solicitação de emissão gerará um pedido de autorização e uma ação deverá ser tomada pela própria empresa, tornando o processo não automatizado.
O único tipo de certificado que pode ser utilizado para emissão de notas no eNotas é o certificado e-CNPJ A1. Ele deve ser utilizado nas emissões de NF-e, NFC-e e NFS-e, caso seja uma exigência da prefeitura.