Hoje nosso sistema não suporta a criação de mais de um cadastro com o mesmo CNPJ, mesmo que possua mais de uma matrícula no município, ou seja em cidades e Estados diferentes.
A chave única utilizada em nossa API para criação das empresas é o CNPJ e, como o CNPJ é vinculado a um endereço de cadastro, não é possível utilizá-lo simultaneamente para emissões em órgãos distintos.
Caso tenha ficado com alguma dúvida ou precise de auxílio, basta acionar nosso suporte! :D